Las particiones pueden realizarse por cualquier criterio que escojas. Existen estrategias que se deben elegir: Selección, Resolución y Acceso. Que sirven respectivamente para elegir donde guardar un objeto, de donde obtenerlo y finalmente como proceder con las queries.

Obviamente lo que dije anteriormente sobre como generar un identificador está muy relacionado con las estrategias.

Aquí dejo enlaces:
http://www.hibernate.org/hib_docs/shards/reference/en/html/shards-shardstrategy.html
http://www.hibernate.org/hib_docs/shards/reference/en/html/shards-shardstrategy.html#shards-strategy-idgen

Saludos

NHibernate seguirá funcionando sin muchos cambios, una de las maneras de lidiar con las claves primarias es hacerlo poniendo el Shard Id (identificador de la partición) dentro de la clave primaria. Esta es la implementación:
https://nhibernate.svn.sourceforge.net/svnroot/nhibernate/trunk/nhibernate/src/NHibernate.Shards/src/NHibernate.Shards/Id/ShardedUUIDGenerator.cs

Tambien se puede usar Native y configurar las bases de datos para que nunca colisionen estableciendo rangos coherentes de Ids.
Y el otro approach es configurar la típica tabla HiLo para que mantenga la información de las PK.

Saludos